Hai mươi năm trước, một tiểu hành tinh trên đường tiến đến Trái đất đã phá hủy Sao Diêm Vương, khiến các tiểu hành tinh trong quỹ đạo Sao Diêm Vương (gọi là Thanatos) tạm thời trì trệ. Vài chục năm sau, trước nguy cơ diệt vong của Trái đất, một tổ chức nghiên cứu Hệ Mặt trời Quốc tế (gọi tắt là ISDA), sau khi tìm thấy một quả trứng rồng dưới đại dương, họ tiến hành một loạt các dự án D và bí mật tạo ra vũ khí được gọi là "Dragon”. Tuy nhiên, họ sớm phát hiện rằng Thanatos không chỉ là mối đe dọa tiềm tàng duy nhất của hành tinh này. Jin Kamishina, một cậu bé 18 tuổi đơn độc mất gia đình trong một tai nạn 2 năm trước, sau khi chứng kiến ​​một sinh vật kỳ lạ giết người, được mời gia nhập vào ISDA để chiến đấu với những con Dragon sinh ra từ Thanatos. Giúp cậu là Toa, một cô gái bí ẩn đã cứu cậu khi cậu bị sinh vật lạ tấn công. Khi họ đào sâu nghiên cứu bí ẩn của Dragon, họ gặp những người bạn và kẻ thù mới, và đồng thời họ cũng trở nên thân thiết hơn.